Šafarik Janko D-r, sinovac znamenitoga i, naročito za Južne Slovene, zaslužnoga Pavla J. Šafarika, rodio se u varošici Kiš-Kerešu, u Madžarskoj, 2 novembra 1812 godine.
Osnovnu školu izučio je u mestu svoga rođenja, a gimnaziju u Novom Sadu, gde je stric njegov bio profesor i direktor gimnazije.
Živeći u Novom Sadu, družeći se sa srpskom decom, i boraveći u kući stričevoj čak do 1829, Janko se je s jedne strane sa svim osrbio, a s druge je zamilovao istoriju i starine Srba i svih Južnih Slovena.
Po svršetku gimnazije, Janko ode u Požun gde je slušao filosofiju i prava. Odatle se, godine 1832, spusti u Peštu, i počne slušati medecinu. Iz Pešte pređe u Beč, gde medecinu produži, i 21 jula 1838 postane doktor u medecini.
Postavši doktor, otišao je u Prag, i bavio se onamo nekoliko meseca. Tada je već bio počeo raditi nešto u češkoj književnosti.
Iz Praga Šafarik siđe u Novi Sad, nastani se tu, i počne živeti od svoje lekarske zarade.
Godine 1843 prešao je u Srbiju, i dobio katedru fizike na ondašnjem beogradskom liceju.
Malo docnije, u Beogradu su otvorene nedeljne škole u kojima su radili i profesori licejski. Šafarik je u tim školama davao lekcije iz istorije i književnosti naroda slovenskih.
Šafarik je na skoro po svom dolasku u Beograd postao član „društva srpske slovesnosti“; za tim član „odbora prosveštenija“, i docnije član „školske komisije“.
Odbor prosveštenija malo je trajao pa je ukinut; u školskoj komisiji, dokle god je ona radila, Šafarik je bio član, delovođ, pa i predsednik; a u društvu je ostao član do smrti; nekolike godine bivao je i predsednik tome skupu.
Godine 1849 umre od kolere Isidor Stojanović, profesor istorije u liceju. Šafarik tada dobije katedru istorije, a fiziku ustupi Dru Vuku Marinkoviću koji je nedavno bio prešao iz Novoga Sada u Beograd.
Godine 1857, po ranijoj odluci srpskog učenog društva, Šafarik je išao u Mletke, te je u onamošnjoj staroj arhivi prepisao mnoge akte koji se tiču istorije Srba i drugih Južnih Slovena.
Ti akti štampani su u Glasnicima srpskog učenog društva, a izišli su i posebice pod imenom:
„Srpski spomenici Mletačkoga Arhiva“.
Osem toga, i mnogih manje tegobnih poslova, Šafarik je štampao Tronoški Letopis (u Glasniku 5), Život Stefana Dečanskog (u Glasniku 11), i Dušanovu Hrisovulju (u Glasniku 15), i dr.
Žitije Sv. Metodija prvog arhijepiskopa moravskog je u Beogradu 1863.
Godine 1859, posle smrti Dra Vuka Marinkovića, Šafarik se opet vratio na katedru fizike, ali je na njoj ostao samo do godine 1861, kad je sa svim ostavio profesorsku službu, primivši zvanje bibliotekara i čuvara muzeja.
Kao bibliotekar i čuvar muzeja, Šafarik je ostao do u jesen 1869. Za to vreme, on je biblioteku znatno uredio, a muzej je, tako reći, sazdao i razmestio kako treba.
Godine 1869 Šafarik je postao član državnog saveta, u kom je zvanju ostao do smrti.
Pored uređenja muzeja, Šafarik je opisao i naslikao sve do onoga doba poznate srpske stare novce. I slike te štampao je uz Glasnike srpskog učenog društva.
Osem srpskog učenog društva, za koje je već kazano, Šafarik je bio član: arheološkog društva, i društva ruskih lekara u Moskvi; član jugoslavenske akademije, i član društva za prirodne nauke, u Moskvi.
Imao je od ruskoga cara Aleksandra Drugog, orden Sv. Ane drugog reda, i od pruskog kralja, potonjeg nemačkog cara Viljema, orden kraljevske krune drugog reda.
Šafarik je bio srednjega rasta, pun, plav, uvek s naočarima na očima; tih u pokretima, jasan, i razborit u besedi, mio u društvu, dobar u putu, gotov da nauči i pomogne u čem se god pozove.
Njegova vrlo lepo pogođena slika nalazi se u srpskom muzeju u Beogradu.
Preminuo je noću između 6 i 7 jula 1876 u Beogradu, na Vračaru, u svojoj kući, i sahranjen je više Markove crkve, u Paliluli.